La chiesa fu costruita nella frazione di Castello, sul luogo dove sorgeva l'antico castello medioevale. Essa era inizialmente chiesa castrense, cioè strettamente legata al castello. Intorno ad essa andà via via organizzandosi la vita civile e religiosa del borgo. Riedificata più volte per venire incontro alla popolazione crescente, fu consacrata nel 1525. L'attuale chiesa fu costruita fra il 1808 e il 1812, insieme al campanile, con cui forma un unico complesso. L'interno è costituito da una sola navata a croce greca; sull'altare maggiore campeggia una preziosa pala di Bartolomeo Montagna, che la dipinse nel 1486, raffigurante la Madonna in trono con il Bambino tra Sant'Antonio da Padova e San Giovanni Evangelista. La chiesa, gravemente danneggiata nel 1960, a causa di due fulmini che si abbatterono sul campanile, fu successivamente restaurata. Fino al 1899 San Giovanni Ilarione fu l'unica parrocchia, con sede a Castello, motivo - questo - di aspre dispute tra gli abitanti del borgo e quelli di Villa che, possedendo già una chiesa intitolata a Santa Caterina, desideravano avere una propria parrocchia.
